Los organismos de control son agencias claves para combatir la corrupción. En el desarrollo de su misión realizan auditorías sobre cómo se ejecuta el dinero público, observan que se haya asignado y ejecutado de acuerdo a lo señalado por ley; analizan si los programas estatales cumplieron las metas previstas o si se desviaron de las mismas; observan que las intervenciones se ajusten a marcos legales, etc. En otras palabras, los organismos de control monitorean la transparencia en la administración pública, y en el caso de los órganos de control externo, su rol es especialmente relevante en tanto agencias extra-poder, independientes del Ejecutivo y del poder de turno. Sus productos son de alto valor público para combatir la corrupción administrativa y la deficiente prestación de servicios públicos por desidia (ello se revela, por ejemplo, en informes de auditoría que se convirtieron en evidencia en juicios por corrupción, como en el caso de la tragedia de Once).

La Ley Nº 24.156 establece y regula la administración financiera y los sistemas de control del sector público nacional, como su decreto reglamentario Nº 1344/2007. Sobre esa base rige el accionar de la Sindicatura General de la Nación y de la Auditoría General de la Nación. La AGN y la Defensoría del Pueblo tienen jerarquía constitucional, y esta última enmarca su accionar en la Ley Nº 24.284. En el caso de la Procuración Penitenciaria de la Nación, fue creada en 2003 por la Ley Nº 25.875 con la misión de proteger los derechos humanos de la población privada de libertad

Al día de hoy, no hay una normativa vinculante que obligue a los organismos de control a promover la transparencia activa (hasta tanto no se reglamente la Ley Nº 27.275 de Acceso a la Información Pública). Ello es grave en el caso de la Sindicatura General de la Nación, que en 2010 dejó de publicar los informes de control de gobierno y retiró de su página web aquellos ya publicados.

No ha sido reglamentado el artículo 85 de la Constitución Nacional sobre la AGN, por lo que no hay ley que regule su funcionamiento y asegure el principio de independencia en la conformación del Colegio de Auditores, pudiendo quedar sujeto a las lógicas del poder de turno. A su vez, el vínculo con el Congreso es limitado: los informes de auditoría no tienen fuerza sancionatoria y son tratados con excesiva demora por la Comisión Bicameral Mixta Revisora de Cuentas del Poder Legislativo.

La situación es más problemática aún en el caso de la Defensoría del Pueblo, que carece de titular desde hace 7 años.

En principio es imperativo reglamentar el artículo 85 de la Constitución Nacional de modo que la Auditoría General de la Nación cuente con una ley orgánica que, entre otras cosas, establezca que la mayoría de los miembros del Colegio de Auditores sean propuestos por la oposición. Asimismo, es importante dotar a la AGN y a la Sindicatura General de la Nación de mayor autonomía funcional, y obligar a esta última a hacer públicos sus informes de control. Urge sobre todo la designación del Defensor del Pueblo por parte del Congreso de la Nación.